Stabilność plazmidu jest oceniana pod względem dwóch parametrów: poziomu ekspresji produkowanego rekombinowanego białka oraz stosunku antybiotykoopornych komórek do liczby komórek całej populacji (obliczany czas generacji).
Badanie stabilności plazmidu prowadzimy w hodowli płynnej w podłożu minimalnym z antybiotykiem (100% posiadania plazmidu) oraz bez antybiotyku (brak presji na posiadanie plazmidu) przez cztery kolejne 17-godzinne pasaże. Z każdej hodowli odpowiednio przygotowane rozcieńczenia – wysiewane są na szalki z podłożem bez antybiotyku (wyrosną komórki posiadające i nieposiadające plazmid) oraz z antybiotykiem (wyrosną tylko te z plazmidem) – porównanie ilości otrzymanych kolonii – obliczanie cfu/ml. Poziom białka rekombinowanego oceniamy na SDS-PAGE.
Przedstawienie wyniku np.: cfu/ml na podłożu bez i z antybiotykiem, obliczony czas generacji, żel SDS-PAGE. Utrzymywanie się ekspresji produkowanego białka rekombinowanego w badanych szczepach potwierdzone dla około 80 generacji w hodowlach z antybiotykiem, jak i w hodowlach bez antybiotyku, jest niezbędnym wymogiem do przyjęcia szczepu do produkcji.