Przeprowadzamy izolację białek z substancji czynnej, medium pofermentacyjnego oraz płynów biologicznych z wykorzystaniem elektroforezy żelowej, wysokosprawnej chromatografii cieczowej HPLC i kolektora frakcji lub UFLC. Ponad to wykonujemy oczyszczanie i zagęszczanie prób na złożu typu RP-18/RP-4 (np.: ZipTip® C18, ZipTip® C4, PepClean™ C-18 Spin Column) lub z wykorzystaniem koncentratorów typu U–Tube™ i innych.
Wyizolowane białka w postaci roztworu lub prążków żelowych barwionych Coomassie Blue poddajemy identyfikacji, bazując na analizie MS/MS peptydów powstałych w wyniku proteolizy badanego białka z wykorzystaniem dedykowanego enzymu (np.: trypsyna, Glu-C, Lys-C, Asp-N). Proces prowadzony jest w oparciu o przeszukiwanie baz danych sekwencji białkowych z użyciem systemu MASCOT®. Przed przystąpieniem do trawienia, mostki dwusiarczkowe w białkach zazwyczaj poddawane są redukcji i alkilacji.
Pomiary masy cząsteczkowej wykonujemy z wykorzystaniem spektrometru masowego Applied Biosystems: 4800 Plus MALDI-TOF/TOF. Oznaczenia wykonywane są w zakresie 600 Da – 200 kDa z błędem pomiaru do 1000 ppm w trybie liniowym oraz 50 ppm w trybie z reflektorem. Istnieje możliwość uzyskania wysokiej jakości widm fragmentacyjnych, pozwalających na identyfikację analizowanej substancji.